2011.1.1之前取得软件企业认定证书的企业，要是已经享受完5年优惠期的，需要按照新政策重新申请认定，通过后发新的证书，新证书版本不同，而且有正副本；
       2011.1.1之前取得软件企业认定证书的企业，要是还未享受完5年优惠期的，仍按照旧政策《软件企业认定标准及管理办法（试行）》（信部联产〔2000〕968号）的认定条件进行年审），初审通过后，携带所减免年度加盖税务公章的企业所得税减免税备案登记书原件及复印件办理，4月15日登陆新系统继续年审；公示后会把旧的证书换新的，证书号不变；
        2011.1.1之前取得软件企业认定证书的企业，要是一直没有做过年审，或者一直没有用过软件企业优惠政策的（用高新证享受优惠的），过了5年期限的，都需按照新政策重新申请认定；
      2011.1.1之前取得软件企业认定证书的企业，要是一直没有获利，但是在2013.4.1前在税务局有做备案且备案成功的企业，可以按照旧政策《软件企业认定标准及管理办法（试行）》的认定条件进行年审即可；
       2011.1.1之前取得软件企业认定证书的企业，要是一直没有获利，但是在2013.4.1前在税务局没有备案的企业，需要按照新政策重新申请认定；
       2011.1.1之后取得软件企业认定证书的企业，需要按照新政策重新申请认定；
  

软件企业未年审或年审不通过的企业会取消资格，证书作废；
软件企业中涉及到信息变更的，企业必须在15个工作日内去相关部门做变更备案，否则取消资格；
软件企业被查出有违法、违规的被取消资格，3年内不能再申请。