(1)作为软件得到重点保护的依据
　　《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第三十二条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
　　
　　(2)减免税收的依据
　　财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》中对软件产品的税收优惠有详细的规定。可办理双软，减免增值税和企业所得税。可办理高新，减免企业所得税。
　　
　　(3)作为无形资产出资入股
　　《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%。现在有的地方更规定软件可以作价100%以技术出资的规定。
　　
　　(4)作为申请科技成果的依据
　　可作为高新企业认定等重要的科技成果。科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明。”这里的登记可以理解为著作权的登记，其他部委也有类似规定，以软件申请技术成果应当递交软件登记证书。
　　
　　除此之外，软件著作权登记还有更为现实的意义，就是享有软件著作权证明作用。软件由一系列的代码组成，称为源代码，其可以无限制的复制。软件著作权所保护的是源代码。一般认为谁持有源代码，谁既是著作权人，由于源代码的可复制性，不象复制纸质材料那样，可以区分原始与复制件，假使源代码保密不严，就很难区分著作权人。如果尽早进行著作权登记，取得《软件著作权登记证书》，这就是初步的权利证明。在发生软件著作权争议时，是主张软件权利的有力武器，而要证明《软件著作权登记证书》并非真正软件著作权人，在举证上具有相当难度。在进行软件著作权贸易时，《软件著作权登记证书》有利于交易的顺利完成。