自2013年4月15日起，最新出来的软件企业认定正式开始以新要求规定开始申报，相对于之前的软件企业管理办法，新出来的政策明显要严格不少，不仅仅对申报系统进行了改版，最明显的就是关于企业员工和审计报告。

1、企业成立时间更改：
       老管理办法中要求：首先对企业的成立年度没有限制，即使企业是当年成立，完全没有收入，当年即可申请软件企业认定。
新管理办法中要求：企业需要是2011年以后成立的企业，并且需要有上一年度的财务审计报告。
      也就是说，企业必须是上一年度有收入的，才具有申报软件企业认定的资格。那就是说，当年成立的企业首先是排除在外的。
2、企业职工材料要求的更改：
      老管理办法中要求：对人员的要求是只需要科研人员占到总人数的50%以上即可，看似严格，实际上因为不需要任何材料证明，所以50%这块的指标其实形同虚设，任何一家企业都可以达到。
       新管理办法中要求：签订劳动合同关系且具有大学专科以上学历的职工人数占企业当年月平均职工总人数的比例不低于40%，其中研究开发人员占企业当年月平均职工总数的比例不低于20%；，并且需要提供企业职工劳动合同签订情况说明以及企业职工社会保险缴纳证明（包括社保网上申报系统截屏或支付社保中心的银行付款凭证或社保中心出具的证明）；
新管理办法则修补了这个漏洞，这对一些刚成立的小型企业来说，也将是一个比较难以解决的问题。
3、关于上年度企业收入指标的更改：
      老管理办法中要求：企业上年度软件收入占到企业总收入的35%以上，其中，自产软件收入占软件收入的50%以上（即：自产软件收入占总收入的17.5%以上）即可。 一般即便不是主营软件收入的企业基本也可以达到，没有太大问题。
       新管理办法中要求：企业的软件产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于50%，其中软件产品自主开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于40% (即：自产软件收入需要达到软件收入的80%)。
       这一指标有了飞跃的提升，这样来说，企业至少要有一半的收入全部来自于软件收入，并且几乎全部都需要是企业自产软件才可以，这一指标的更改，将又会有大批的企业会被拒之门外。
4、财务数据指标;
       老管理办法中要求：研发费用占软件收入的8%以上。
       新管理办法中要求：研发费用占总收入的6%以上。
       这项指标从软件收入的8%变成了总收入的6%，对于研发型的企业来说，并不会有太大的影响，而对销售型企业来说，这项指标将是一项门槛，而且需要企业提供年度审计报告和研发、收入专项审计报告。
5、新增事项：
       老管理办法中要求：对企业这方面没有明确硬性规定。
       新管理办法中要求：企业生产经营场所、开发环境及技术支撑环境的相关证明材料，包括经营场所购买或租赁合同，企业主要经营管理制度文件列表等等证明材料及保证产品质量的相关证明材料，包括ISO9000系列证书或CMM/CMMI评估证书，或建立符合软件工程要求的质量管理体系的说明和至少1个主要产品的需求规格说明书、测试报告、用户手册等过程文档记录。
        除去以上所说的一些硬性规定指标，新规定还对企业的资质也提出了一些补充材料，说明新规定对软件企业认定的审核也会更严格。